Untuk mendukung kelancaran kegiatan perpustakaan secara keseluruhan disusun suatu organisasi, UPT Perpustakaan STIKES Hafshawaty Pesantren Zainul Hasan dipimpin oleh seorang kepala perpustakaan yang bertanggung jawab kepada Ketua melalui Wakil Ketua I Bidang Akademik. Kepala Perpustakaan dalam menjalankan tugasnya dibantu oleh 1 (Satu) orang staf perpustakaan.
Kepala Perpustakaan Santi Damayanti, S.I.Pust., M.M